A múzeumot Gerlóczy Gedeon gyűjteményéből alapították 1973-ban. A festő életművének döntő része ide került.

A kiállításon láthatók a müncheni tanulmányrajzok, a festői munkásságot már a kezdeteknél is jellemzően bemutató festmények, mint a madarakról készített sorozat (Süvöltőt leterítő ölyv, Tövisszúró gébics stb.), vagy a szomszédasszony Prazsenkáné (Almát hámozó öregasszony).
Bemutatják a "nagy motívum" keresése során készült képeit is. Csontváry visszatért kora ifjúsága legnagyobb természeti élményének helyszínére, a Magas-Tátrába, az öröklét, ugyanakkor az örök változás szimbóluma számára a Nagy Tarpatak a Tátrában. Itt látható a Fohászkodó Üdvözítő szikár alakja; a topografikus hűségű Selmecbánya látképe, a Vihar a Hortobágyon, illetve a Zrínyi kirohanása című kép.

Együtt láthatók az 1910-es évek közepén létrejött nagyméretű, szimbolikus kompozíciói - főművei. A Baalbek, a művész által legjelentősebb napút-festménynek tartott alkotás - a legfenségesebb helyszín képe, ahol minden együtt van: a világító színek, a dekorativitás, az energia és a monumentalitás. A Magányos cédrus az öröklét, és egyúttal az alkotóművész halhatatlanságának szimbóluma; metaforikus önarckép. A Panaszfal bejáratánál Jeruzsálemben az évezredes imádkozás helyszínén megforduló hívek karakterének állandó váltakozását mutatja meg. A Mária kútja Názáretben című képén a gyermekét tartó Mária központi alakja, mint a gótikus oltárképeken, kiemelkedik környezetéből. Mögötte, a kútba vizet öntő bajuszos, szakállas férfi Csontváry önarcképe - a forráshoz érkezők számára maga a festő biztosítja az életet; ő a Madonna mellett a legfontosabb szereplő.

A múzeumban láthatók századforduló magyar festészetének egzotikus, napsütötte helyszínei: Jajce, Athén, Taormina, Mosztár, Castellamare - sajátos művészi tolmácsolásban. Bemutatják a másfél évtizedes pályafutás végső rezdüléseit, grafikákat, kompozíciós töredékeket, vázlatokat is.
A képtárat a Csontváry-kutatás alapján szolgáló archívum egészíti ki.